Diese alternative Version zu Black Rock Shooter spielt einige Jahre später und Mato Kuroi geht mittlerweile auf die Oberschule. Mit ihrem offenen und freundlichen Auftreten versucht sie auf Anhieb neue Freunde zu gewinnen. Allen voran die schüchterne Mitschülerin Yomi Takanashi, doch deren Freundin Kagari scheint eine tiefe Abneigung gegen Mato zu haben. Das hält das quirlige Mädchen natürlich nicht davon ab, es trotzdem zu versuchen. Währenddessen kämpft Black Rock Shooter in einer Parallelwelt gegen neue Gegner und gegen ihre erbitterte Widersacherin Dead Master.