Die Schulzeit von Tomoya, Nagisa und ihren Freunden neigt sich langsam aber sicher dem Ende zu. Die After Story setzt kurz nach dem Ende der ersten »Clannad«-Staffel an und verfolgt das weitere Leben der Charaktere auch bis in die nachschulische Zeit. Die Charaktere fragen sich, wie es nun nach der Schule weitergehen soll.Welche Antwort werden sie in ihrem neuen Lebensabschnitt auf diese Frage finden?