Dies ist die 3. Staffel von Full Metal Panic! und es kehrt wieder zu den „Wurzeln“ der 1. Staffel zurück: Neuer Terrorismus, große Action und einige Tränen für Sousuke, Kaname und ihre Freunde.In der Serie geht es deutlich ernster zu. Sousuke wird nämlich überraschend von seiner Mission, Kaname zu beschützen, abgezogen und lässt sie so von einem Tag auf den Anderen allein. Der neue Gegner von Sousuke ist einerseits die merkwürdige Orginisation „Amalgam“ mit einen durchgeknallten „Gates“ als Anführer und andererseits steht Sousuke sich selbst im Weg. Er kann den Lambra Driver immer noch nicht richtig bedienen und ausgerechnet die Mechas von Amalgam haben ebenfalls diese Technik, was ihm und seinen Freunden von „Mithril“ schwer zu schaffen macht. Zu allem Überfluss ist Kaname nun auch noch in größter Lebensgefahr und Sousuke darf und kann ihr nicht helfen…