Nach dem Heath-Oslo-Vorfall ist die Existenz der US-japanischen Anti-Terror-Organisation CIRS der Öffentlichkeit bekannt geworden. Daraufhin wurde CIRS von Grund auf neu aufgebaut und die verschiedenen Funktionen wurden der neuen Organisation SORD („Social Ops, Research & Development“) übertragen.Das Ziel von SORD ist es, eine neue Generation von Agenten zu trainieren, die das Land gegen zukünftige Bedrohungen verteidigen sollen. Zu diesem Zweck hat die Organisation eine Reihe von Schulen im ganzen Land eingerichtet. Auch die Mihama Academy, die nach ihrer plötzlichen Schließung verwahrloste, hat einen neuen Zweck gefunden und wurde zu einer „Spezialisten-Trainings-Schule“ umgebaut.Die neue Mihama Academy ist nun die Heimat einer Gruppe von Schülern, die jeden Tag daran arbeiten, ihre einzigartigen Fähigkeiten weiter zu verbessern. An dieser Schule werden soziale Außenseiter und nicht in die Gesellschaft passende Jugendliche, meist junge Mädchen, untergebracht und unterrichtet. Ungeachtet ihrer eigenen Sicherheit stürzen sie sich immer wieder in gefährlichen Missionen – alles für das Wohl des Landes, das sie verstoßen hat.