Junjou Romantica 2 führt die Geschichten der Protagonisten Misaki Takahashi und Akihiko Usami, Hiroki Kamijou und Nowaki Kusama sowie Shinobu Takatsuki und Yō Miyagi weiter, die wir schon aus dem ersten Teil kennen. Es wird gezeigt, wie sich die Beziehungen der Charaktere weiterentwickeln und sie mit ihren Problemen umgehen. Misaki wird in Usagis Familienprobleme hineingezogen, und dieser muss erst mal damit klarkommen, dass sein Bruder großes Interesse an seinem Schützling zeigt. Hiro und Nowaki sind sich uneinig über ihre gemeinsame Zukunft, auch weil Nowaki nicht hinter Hiro zurückstehen will. Und als Shinobu ein Bild von Myagis mysteriösem „Sensei“ findet, kapselt sich der sonst so hartnäckige Junge von seinem Geliebten ab.