Eines Tages tauchte eine mysteriöse Flotte aus monsterartigen, waffenbewehrten Wesen und Mädchen in den Weltmeeren auf, die von der Menschheit »Abyssals« getauft wurden. Sie verdrängten die Menschen aus den Meeren, bis sich zeigte, dass es eine Waffe gegen sie gab, nämlich Mädchen, in denen der Geist vergangener Kriegsschiffe wiedergeboren wurde und die nun entsprechend bewaffnet gegen die Abyssals ins Feld ziehen. Dies ist die Geschichte des frisch ihren Dienst angetretenen Mädchens Fubuki und ihrer Kameradinnen.