Nachdem der Jahreswechsel überstanden ist, inklusive eines Zusammentreffens des gesamten Yamayuri-Rats anlässlich des neuen Jahres, erzählt »Maria Watches Over Us Season 2: Printemps« weiterhin von den Erlebnissen der Schülerratsmitglieder an der Lillian-Akademie. Der Frühling schreitet unaufhörlich voran und so neigt sich das aktuelle Schuljahr langsam, aber sicher dem Ende zu.

Nun müssen die drei »Rosen«, Youko, Eriko und Sei, die Vorsitzenden des Schülerrats, sich damit befassen, dass ihr Schulabschluss vor der Tür steht und dieser auch das Ende ihrer Zeit als »Grande Sœurs« bedeutet. Für deren »Petit Sœurs«, Sachiko, Rei und Shimako, ist diese Zeit des Abschieds doppelt schwierig: Nicht nur müssen sie sich daran gewöhnen, dass ihre »großen Schwestern« bald nicht mehr da sein werden, sie müssen auch die Lücke schließen, die nun bleibt. Mittendrin befindet sich natürlich auch Yumi, die trotz der Zeit im Yamayuri-Rat noch immer unsicher ist, ob sie überhaupt würdig ist, Sachikos »kleine Schwester« und damit ein Mitglied des Schülerrates zu sein …