Zweieinhalb Jahre sind vergangen seit Naruto mit Jiraiya zusammen Konoha verließ, um zu trainieren. Da die Gruppe der Akatsuki allmählich aktiv wird und es nur eine Frage der Zeit ist, bis sie Naruto angreifen, kehren beide ins Dorf zurück. Den Blick immer Richtung Orochimaru und Sasuke gerichtet, planen Kakashi, Sakura und Naruto als „Team Kakashi“ ihre weitere Vorgehensweise. Doch die drohende Gefahr lässt nicht lange auf sich warten und die Akatsuki überfallen den „Hidden Sand“ mit dem Kazekage.