School Days basiert auf dem gleichnamigen Erogē Computerspiel. Makoto Itō macht auf seinem Weg zur Schule im Zug mit seinem Mobiltelefon ein Foto einer Mitschülerin, in die er sich verliebt hat. Das eher schüchtern wirkende Mädchen heißt Kotonoha Katsura und geht in die Parallelklasse von Makoto.In der Schule angekommen, wird die Mitschülerin Saionji Sekai durch eine neue Sitzordnung seine Banknachbarin. Durch einen Zufall entdeckt sie das Bild von Kotonoha auf dem Mobiltelefon von Makoto, das er als Hintergrund gesetzt hat. Daraufhin entschließt sich Saionji die beiden zu verkuppeln. Als es ihr gelingt, dass sich Makoto und Kotonoha zu einem Date verabreden, erkennt Saionji, dass sie sich ihrerseits in Makoto verliebt hat.