Eines Tages findet der junge Hiiro Ryugasaki ein seltsames Smartphone, auf dem das beliebte Kartenspiel Shadowverse vorinstalliert ist. Als er es in die Hand nimmt, registriert es ihn plötzlich wie von selbst als seinen Besitzer. Dies ist der Anfang von vielen heißen Kämpfen, in denen er auf neue Rivalen treffen wird, an großen Turnieren teilnimmt und neue starke Bande mit seinen Freunden schmiedet. Shadowverse bietet ihm jede Menge neue Erfahrungen, die ihn alle dazu bringen, sich stetig weiterzuentwickeln.