Es ist schon ein Monat vergangen, seit Illya und Miyu zu Magical Girls wurden und die Class Karten versiegelt haben. Rin und Luvia wollten danach Japan eigentlich verlassen, doch sie wurden gezwungen dort zu bleiben, um die instabile Magie des Ley Lines Bereichs zu reinigen. Während Illya und Miyu ihnen dabei helfen, gerät Illyas Magie außer Kontrolle. Als sie wieder zu sich kommt und realisiert was gerade passiert ist, erscheint ein mysteriöses Mädchen, das Illya verdammt ähnlich sieht.