Gate Keepers 21 spielt im 21. Jahrhundert, 32 Jahre nach der Vorgängerserie Gate Keepers.In diesen 32 Jahren wurde die Erde vollkommen von den Invasoren gereinigt. Japans Wirtschaft floriert wie niemals zuvor. A.E.G.I.S existiert immer noch, jedoch in kleineren Abteilungen, um mehr über die damaligen Invasoren zu erfahren und die technischen Daten über das Gate zu sammeln.Trotzdem: A.E.G.I.S network und die »Earth Defense Agency« haben eine enorme Steigerung der Invasionen, bei der menschlichen Gesellschaft, festgestellt. Unter diesen Umständen wurde eine Elite Truppe »Hunters«, mit Ayane Isuzu und Miu Manduru als ihre ersten beiden Mitglieder, gegründet.