Takashi Natsume kann bereits seit seiner Grundschulzeit, die als Youkai bekannten Geisterwesen sehen und hören. In der Oberschule lässt er sich nicht mehr von den Youkai erschrecken, jedoch verheimlicht er seine Fähigkeiten fast allen Personen in seinen Umfeld.Als Takashi noch ein kleines Kind war, verstarben seine Eltern und er wurde zwischen seinen entfernten Verwandten, wie eine lästige Aufgabe, herumgereicht. Jetzt lebt er schon seit längerer Zeit bei Touko und Shigeru Fujiwara, die ihn wie einen eigenen Sohn behandeln und bei denen er sich sehr wohl fühlt. Von seiner verstorbenen Großmutter Reiko hatte Takashi das »Buch der Freunde« erhalten. Jeder Youkai der Reiko seinen Namen übergab und dessen Name in dem Buch festgehalten wurde, muss den Befehlen des Besitzers den Buches Folge leisten.Reiko verbrachte einen großen Teil ihrer Jugend damit, die Youkais zu zwingen, ihre Namen an sie zu übergeben. Vor vielen Jahren hatte Takashi eher unabsichtlich den Youkai Madara aus dem seit langem bestehenden Bann eines Tempels befreit. Für normale Menschen sieht Madara wie eine dreifarbige Glückskatze mit Namen »Nyanko-sensei« aus, jedoch kann er sich auch jederzeit wieder in einen mächtigen Youkai verwandeln, um feindlichen Yokais entgegenzutreten. Madara ist für Takashi als Leibwächter und Ratgeber bei entsprechender Gegenleistung tätig. Eine harmlose Lieferung in ein nicht weit entferntes Dorf für Takashis Pflegemutter, führt zu einer Begegnung mit einer Frau aus Reikos Vergangenheit. Es beginnt eine Kette von Ereignissen, die zu einer Aufspaltung von Nyanko in drei Kätzchen und dem Verschwinden der Klassenkameradin Tooru Taki führt. Der Klassenkamerad Kaname Tanuma kann Youkais zwar nicht sehen, jedoch spüren und dadurch etwas helfen, aber hier wird deutlich mehr Hilfe benötigt …