Im Mittelpunkt von Haitai Nanafa steht die aufgeweckte Mittelschülerin Nanafa Kyan. Nanafas schöne ältere Schwester Nanao und ihre jüngere Schwester Kokona besitzen eine starke Verbindung zum Übernatürlichen. Zusammen mit ihrer Großmutter lebt die Familie auf Okinawa und betreibt dort einen Soba-Laden mit dem Namen „Kame Soba“.Eines Tages löst Nanafa ein Siegel von einem alten chinesischen Banyan-Baum. Daraufhin erwachen drei Naturgeister zum Leben. Diese sind Niina und Rahna, welche sogenannte „Jimunaa“ sind. Der dritte Geist heißt Iina und ist die Reinkarnation einer Löwen-Statue aus Okinawa. Mit dem Auftauchen der Geister wird Nanafas Leben und das ihrer Familie auf den Kopf gestellt.