Vor 5 Jahren starb fast jeder Einwohner von Ootsuka an einer tragischen Plage. Seltsamerweise überlebten drei Menschen: Ein Mädchen und zwei Jungen. Seitdem leben diese drei in Isolation, in einer Kirche, damit sie von den anderen nicht gefunden werden. Shino, welcher einer dieser Überlebenden ist, ist im Besitz des Murasame, welches als das Schwert des Lebens bezeichnet wird. Als die Reichskirche aber versucht, das Schwert in ihren Besitz zu bekommen, endet das friedvolle Leben der Überlebenden.