Die Geschichte spielt in der Macross Zeitleiste um das Jahr 2059. Diese Serie handelt von Alto Saotome, Ranka Lee und einen Pop-Idol namens Sheryl Nome, die sich an Bord der Macross Frontier Kolonisationsflotte befinden. Nach dem Krieg gegen die Zentradi hat sich die Menschheit über das ganze Universum ausgebreitet, um ihr Überleben zu gewährleisten. Die Macross Frontier-Flotte ist Teil der Bemühungen zur Erhaltung und Verbreitung der Kultur der Menschheit.