Mahou Shoujo Lyrical Nanoha Reflection handelt von einem Forscherpaar, welches zusammen mit seinen beiden Töchtern Amitie und Kyrie auf ihrem vor sich hinsterbenden Heimatplaneten Eltria zurückblieben, um ihn wieder zu neuem Leben zu verhelfen. Doch die Lage scheint sich zu ändern, als der Vater und Ehemann Granz krank wird. Aus diesem Grund brechen Kyrie und ihre Freundin Iris auf, um Hilfe aus einer weit entfernten, alternativen Welt zu holen. Am Ende ihres Weges stoßen die beiden auf den Planeten Erde, wo sie in Japan landen. Kurz nach der Ankunft begeben sich die beiden auf die Suche nach einem Mittel, um ihren Planeten zu regenerieren …