Die Geschichte spielt in der Stadt »No.6« im Jahr 2013.Der Junge Shion bekam mit 2 Jahren den Rang »Höchste Intelligenz« und durfte im luxuriösen Bereich Chronos leben. Doch nach seinem 12. Geburtstag trifft er auf den schönen Jungen Nezumi. Dieser ist gerade aus einer Besserungsanstalt geflohen und sucht Schutz. Shion versteckt Nezumi und hilft ihm, doch der Preis für seine Hilfe ist teuer. Er wird von der Regierung aus Chronos verjagt und landet in der Stadt Lost Town. Nach vier Jahren kehrt Shion nach NO.6 zurück, um das Geheimnis der Stadt zu lüften …