Owarimonogatari Second Season knüpft direkt an die Ereignisse aus Koyomimonogatari an und setzt die Geschichte des Animes im März fort. Nach einer Begegnung mit der Spezialistin Izuko Gaen wacht Koyomi in einer seltsamen und völlig verlassenen Umgebung auf. Mit Hilfe seiner Freundin begibt er sich auf der Suche nach Antworten durch das Geflecht seiner Vergangenheit und der Verworrenheit der Gegenwart. Doch das Schicksal beschert ihm ein erneutes Treffen mit der exzentrischen Austauschschülerin Ougi Oshino, die ihm einen unerwarteten Plan auftischt, dem Feind entgegenzutreten, der für die kürzlichen Probleme der Stadt verantwortlich ist. Während Araragi die Geheimnisse um eine Erscheinung erforscht, deckt er eine Wahrheit auf, die niemals ans Licht kommen sollte.