Während der Bakumatsu-Zeit lebte Kenshin Himura, der damals noch als »Hitokiri Battousai« bekannt war, ein Leben als brutaler Auftragsmörder. Nachdem das Tokugawa-Shogunat abgesetzt wurde und die Zeit der Kämpfe allmählich sein Ende gefunden hatte, verschwand er ohne jegliche Spur …

Mehr als zehn Jahre sind seither vergangen und die Unzufriedenheit in der Bevölkerung wächst immer weiter. Mittlerweile durchstreift Kenshin als einsamer Wanderer das Land. Sein Ziel: für seine Vergangenheit zu sühnen. Daher hat er es sich zur Aufgabe gemacht, jene zu beschützen, die es nicht aus eigener Kraft schaffen, sich gegen Ungerechtigkeiten zu wehren.

Sein Leben als Einzelgänger findet jedoch ein jähes Ende, als ein Fremder auftaucht, der behauptet, der legendäre Battousai zu sein und im Namen des Dojos von Kaoru Kamiya Morde begeht. Zusammen mit Kaoru muss Kenshin nun herausfinden, wer tatsächlich hinter den Anschlägen steckt. Werden sie es schaffen und den wahren Täter entlarven?