Drei Monate nach den Ereignissen der ersten Staffel:Wegen der aktuellen verstrickten Gesamtlage wird das Symphogear-System der japanischen Regierung von verschiedenen Organisationen in den Blickwinkel genommen. Einige Dinge über dieses System wurden bereits offengelegt, da es eine effektive Gegenmaßnahme gegen die Noise ist, aber natürlich werden keine Informationen über die Nutzer an sich preisgegeben.Während deren alltägliches Leben aufrecht erhalten wird, nehmen sie auch an der Forschung teil, welche gemeinsam von Japan und den USA geleitet wird. Höchste Forschungspriorität liegt bei dem Relikt »Solomon’s Cane«, welches zu einer US-Militärbasis in Iwakuni gebracht wurde. Plötzlich jedoch greifen Noise den Konvoi an, der das Artefakt transportiert - ein nie dagewesenes Verhalten, da die Noise sonst nur aufs Töten fixiert waren und keine strategischen Entscheidungen treffen konnten. Diese Exemplare werden aber offensichtlich von jemandem kontrolliert und es dauert nicht lange, bis diejenigen sich zu erkennen geben. Eine Terrororganisation, die sich »Finé« nennt, fordert mit dem Druckmittel der Kontrolle über die Noise die gesamte Welt zur Übereignung aller ihrer Territorien auf. Wer diese Drohung ausstößt, ist ausgerechnet jene junge amerikanische Sängerin namens Maria, die kurz zuvor gerade noch freunschaftlich Tsubasas Hand geschüttelt hat. Und es kommt noch schlimmer: Mit den Augen der Welt auf sich gerichtet offenbart sich Maria als Symphogear-Trägerin und fordert Tsubasa zum Duell …