In der ersten Hälfte des Films werden Geschehnisse aus der Serie nochmal aufgerollt, zum Teil unverändert oder abgewandelt aus Hiyori Kazanes Perspektive erzählt - einer stillen, zurückhaltenden Schülerin, die ihre Stadt und Feldarbeit liebt und langsam Gefühle für Tomoki Sakurai entwickelt. Ab ihrem Eintritt in den »New World Discovery Club« beginnt ein neuer Handlungsabschnitt, der den Hiyori-Arc des Mangas umsetzt und bei dem es um das Schicksal des Mädchens und das Geheimnis hinter ihrer Existenz geht.