Türkei, Ararat: Ein Archäologen-Team findet bei Ausgrabungen die Arche Noah. Die Geheimorganisation »ARCAM« sendet ihre besten Agenten, den Spriggan Yuu Ominae, in die Türkei, um die Ausgrabungen zu überwachen und die Arche vor Missbrauch zu schützen. Kurz nach seiner Ankunft in Istanbul wird bereits ein Attentat auf ihn verübt und es beginnt eine atemberaubende Jagd auf die Arche, deren Mächte in der Lage sind ganze Welten zu vernichten …