Die lange Tradition der Ninjaclans wurde nach dem Zweiten Weltkrieg abrupt unterbrochen. Offiziell sollte es diese gefürchteten Attentäter eigentlich nicht mehr geben, inoffiziell jedoch existieren mehr als zwanzigtausend Operateure, die zumeist ein normales Leben führen und darauf warten, geheime Aufträge der Regierung zu erhalten. Zu ihnen gehört auch Kurou Kumogakure, der seit dem Untergang seines Clans als NEET sein Dasein fristet. Nun jedoch bekommt er einen neuen Auftrag: Er soll eine Schule infiltrieren und wichtige Informationen beschaffen, die für die Verteidigung des Landes wichtig sind. Obwohl er sich dafür überhaupt nicht bereit fühlt, bleibt ihm keine andere Wahl, als den Anweisungen zu folgen und bald schon muss er sich jeden Tag den Herausforderungen eines gewöhnlichen Schullebens stellen und dabei seine bisherige Existenz geheim halten.