Nachdem Yusei Fudous Sternenstaubdrache von Paradox, einem mysteriösen Duellanten aus der Zukunft, gestohlen wurde, verfolgt er diesen in der Zeit zurück und trifft dort auf Jaden Yuki, welcher gerade von Paradox angegriffen wird. Daraufhin reist Paradox noch einmal in der Zeit zurück, um sein eigentliches Ziel zu erreichen und Pegasus zu töten. Um dies zu verhindern, folgen ihm die beiden Duellanten und treffen in Domino City auf Yugi Muto. Gemeinsam wollen sie nun Paradox aufhalten.