Yu-Gi-Oh! Vrains spielt in Den City, einer Stadt in der Netzwerk-Systeme entwickelt werden. Auch der Firmenriese SOL Technology Co. hat seinen Sitz in der Stadt und nutzt die fortschrittliche Technologie, um sogenannte „Link Vrains“, ein virtueller Raum, zu konstruieren. Doch in diesem Raum erscheint plötzlich eine mysteriöse Hacker-Gruppe namens „The Hanoi Knights“, die es auf die Zerstörung des „World of AI: Cyverse“ abgesehen haben, das sich irgendwo in diesem Netzwerk befindet.Ein Duellant nimmt sich jedoch dieser Herausforderung an und stellt sich der Hacker-Gruppe. Sein Name: Playmaker. Ihm gelingt es auch, die Gruppe zu besiegen – daraufhin verschwindet er aber spurlos. Seine wahre Gestalt ist der Oberschüler Yuusaku Fujiki, der Link Vrains eigentlich nur spielt, um Antworten auf das zu bekommen, was ihm in seiner Vergangen widerfahren ist.