Zettai Shounen erzählt die Geschichte zweier gegensätzlicher Menschen, Ayumu Aizawa und Tanigawa Kisa, die beide an ganz unterschiedlichen Orten auf seltsame, mechanische Lebewesen treffen, die sogenannten »material fairies«.Ayumu besucht seinen Vater in einem ländlichen Dorf und hat zunächst große Schwierigkeiten mit der Atmosphäre und den Bewohnern dieses Ortes zurechtzukommen. Aber nicht nur die Einheimischen verhalten sich mysteriös, in letzter Zeit hat es auch noch andere ungewöhnliche Ereignisse gegeben. Das erlebt Ayumu am eigenen Leib, als er eines Tages auf den kleinen Jungen Wakkun trifft, der von seltsamen leuchtenden Kugeln begleitet wird.Kisa ist eine Oberschülerin aus Yokohama, die sich vor der Welt verschlossen hat. Sie geht schon lange nicht mehr zur Schule und hat außer zu ein paar Freunden keinen Kontakt mehr zur Außenwelt. Eines Tages, auf dem Weg nach Hause, findet sie eine eiförmige Maschine, die zu leben scheint und nimmt diese kurzerhand mit in ihre Wohnung. Noch ist ihr nicht bewusst, in was sie Bun-chan - so hat sie die Maschine getauft - hineinziehen wird.