Shelter erzählt die Geschichte von Rin, einem 17-jährigen Mädchen, welches ihr Leben in einer Simulation verbringt, die komplett von ihr gesteuert wird. Sie lebt in einer sogenannten „Virtual Reality“, welche sie mit einem Tablet komplett steuert ‒ es scheint als wäre ihre Welt nur für sie gemacht.Bis sich eines Tages alles ändert …