Auch diese Staffel verfolgt wieder das Leben des jungen Takashi Natsume, der die Fähigkeit besitzt, Geister und Dämonen zu sehen. Zusammen mit »seinem« Dämon Nyanko-sensei und dem geheimen Buch, das Natsume von seiner Großmutter geerbt hat, machen die beiden ein weiteres Mal die Geisterwelt unsicher und lösen dabei allerhand Probleme. Auch die anderen bekannten Charaktere der ersten beiden Staffeln stehen wieder mit Rat und Tat zur Seite.