Nach den Ereignissen aus Staffel 2 versuchen Touma und Index wieder ein normales Leben zu führen. Touma drückt wieder die Schulbank und handelt sich dabei immer wieder Ärger ein, während Index sich zusammen mit ihrer Katze Sphinx ein gemütliches Leben in Toumas Wohnung macht und sich dabei auch noch von Touma verpflegen lässt. Doch lange währt die Ruhe nicht. Schon bald rückt Academy City in den internationalen Fokus, denn in Frankreich werden Proteste religiöser Anhänger gegen Academy City geführt, initiiert von der römisch-katholischen Kirche. Doch sind diese Proteste erst der Anfang, denn auch diverse geheime Gruppierungen versuchen die aufkeimenden Unruhen für ihre Zwecke zu nutzen und die Weltordnung ins Chaos zu stürzen. Daher macht sich Touma auf nach Europa, denn die einzige Hoffnung ist nun seine rechte Hand. Und auch Accelerator, Hamazura und Index’ Gefährten aus der englischen Kirche Necessarius mischen die Tumulte wieder ordentlich auf.