Toaru Majutsu no Index II erzählt die Geschichte um Touma und der kleinen laufenden Bibliothek Index weiter. Gefahren drohen wieder und auch Geheimnisse müssen gelüftet werden. So begibt sich unser Duo auch schon mal nach Italien. Auch der Accelerator taucht wieder auf und sorgt für massig Kollateralschäden und auch für einen Hauch Wahnsinn.