Kamisaka Haruhi wird in Kindheitstagen von einem Jungen in ihrem Alter vor den Schikanen einer Gruppe Jungs gerettet. Dieser Junge benutzte Magie, um sie aus der Notsituation zu retten.Jahre später: Magie ist etwas Alltägliches, was sogar in den Schulen gelehrt werden kann. Die Schulen sind geteilt in sogenannte »Magierbereiche« und »Normalbereiche«. Kamisaka Haruhi hat das Magiestudium nicht nur angefangen, vielmehr ist sie auch noch als Genie bekannt und wird als Schulschönheit gehandelt. Trotzdem fehlt ihr noch eins zum Glück: Sie will den Jungen treffen, der sie mit Hilfe seiner Magie damals rettete und ihm ihre Zuneigung zeigen. Kohinata Yuma ist ein Schüler, der auf die gleiche Schule wie Kamisaka Haruhi geht, doch nur mit dem Unterschied, dass er im Bereich für die »normalen« Studenten untergebracht ist. Am Valentinstag wird er gezwungen mit seinem Freund Watarase Jun Schokolade kaufen zu gehen. Durch diverse Umstände trifft er im Park auf Kamisaka Haruhi und erhält Schokolade von ihr. Um das ganze noch zu verkomplizieren, stürzt unter mysteriösen Umständen der Bereich der Magier der Schule zusammen und die Klassen werden zusammengelegt. Weitere Ereignisse der mysteriösen Art folgen. Es stellt sich für Kamisaka Haruhi lediglich die Frage, ob Kohinata Yuma dieser Junge aus Kindheitstagen ist und wieso er keine Magie einsetzten kann oder will.